Binningen und Bottmingen bildeten bis in die Mitte des 19. Jahrhunderts eine Einheit. Die Kirchgemeinde ist es noch immer, obwohl sich die politischen Gemeinden 1837 getrennt haben. Die alte Dorfkirche, die St. Margarethenkirche, 1251 erstmals erwähnt und 1673 umgestaltet, sieht hinunter auf die Dächer von Basel und hinüber zu den beiden anderen Hügelkirchen St. Chrischona und Tüllingen. In den letzten 50 Jahren ist die Kirchgemeinde stark gewachsen. Zurzeit zählt sie gut 5000 Mitglieder. 1957 wurden in Bottmingen eine zweite Kirche, ein Kirchgemeindehaus und ein Pfarrhaus gebaut. Die Anlage wurde 2004 umgebaut und erweitert. Auf dem Binninger Westplateau wurde 1966 ein Kirchgemeindehaus mit Pfarrhaus erstellt. 2006 wurde dieser Komplex erneuert und um eine weitere Kirche, die Paradieskirche, erweitert. An allen drei Orten versammeln sich Kirchgemeindemitglieder zu Gottesdiensten.
Seit Jahren lebt die ev.-reformierte Kirchgemeinde Binningen-Bottmingen in enger Verbundenheit mit der röm.-katholischen Kirchgemeinde. Die ev.-reformierte Kirchgemeinde Binningen-Bottmingen gehört zur Evangelisch-reformierten Kirche Baselland und damit zum Schweizerischen Evangelischen Kirchenbund (SEK). Sie versteht sich als Teil der weltweiten Kirche Jesu Christi und pflegt viele persönliche Kontakte über die Grenzen der örtlichen Kirchgemeinde hinaus.